Morgan jouait au basket-ball au lycée et à l'université jusqu'à ce qu'il soit blessé au genou, ce qui mit fin à son désir de carrière sportive. « La seule raison pour laquelle je suis allé à l'université était de jouer au basket-ball », dit-il dans une interview avec EntertainmentOnline en 2003. Il quitta l'école avec l'intention de peindre et d'écrire.
Sa carrière d'acteur commença un peu accidentellement : il aida un ami à déménager de Seattle à Los Angeles et comptait n'y rester qu'un week-end, mais n'en repartit pas.
Il fut aussi graphiste. Jeffrey vient d'apprendre qu'il est le papa d'un petit garçon de 5 ans issu de sa relation avec la comédienne Sherrie Rose. En couple désormais avec l'actrice Hilarie Burton, ils ont eu un petit garçon Gus, en mars 2010.
Sa carrière débuta en 1991 avec le film Uncaged. Il fut l'acteur principal de la série Burning zone : menace imminente où il apparut dans 10 des 19 épisodes.
Depuis 2000, il eut de nombreux rôles dans des productions télévisées telles que Urgences, JAG, Walker, Texas Ranger, Angel, Tru Calling : Compte à rebours, Les Experts, Sliders, les mondes parallèles, Monk. Durant la saison 2005-2006, il apparut simultanément dans trois séries télévisées :
Supernatural, où il joue John Winchester, le mystérieux père de Sam (Jared Padalecki) et de Dean (Jensen Ackles) ;
Weeds, où il joua le défunt mari de Nancy Botwin (Mary-Louise Parker), Judah Botwin ;
Grey's Anatomy, où il joua un personnage récurrent dans la saison 2, Denny Duquette, qui entretenait une relation avec Izzie Stevens (Katherine Heigl). Dans la troisième saison, son personnage fit une apparition durant la scène de la mort de Meredith. Il revient pour plusieurs épisodes dans la saison 5, ses apparitions sont le fait de l'imaginaire d'Izzie Stevens.
Morgan participa également au film P.S. I Love You, inspiré du roman de Cecelia Ahern, qui sort en 2007, ainsi qu'au film Un mari de trop.
Il accède à la célébrité en 2009 pour son rôle de Edward Blake/Le Comédien dans l'adaptation cinématographique du roman graphique Watchmen de Alan Moore et Dave Gibbons, réalisée par Zack Snyder (L'Armée des morts, 300)
Cinéma
1991 : Uncaged : Sharkey
1995 : Dillinger and Capone : Jack Bennett
1995 : Undercover Heat : Ramone
1997 : Legal Deceit : Todd Hunter
1999 : Road Kill : Bobby
2003 : Something More : Daniel
2004 : Dead & Breakfast : Le shériff
2004 : Six: The Mark Unleashed : Tom Newman
2006 : Jam : Dale
2007 : Live ! : Rick
2007 : Kabluey : Brad
2007 : P.S. I Love You : William Gallagher
2008 : Un mari de trop : Patrick Sullivan
2008 : Days of Wrath
2008 : American Girl
2009 : Watchmen - Les Gardiens : Edward Blake / Le Comédien
2009 : All Good Things
2009 : Hôtel Woodstock (Taking Woodstock)
2009 : Shanghai
2009 : Beatle Boyin' : Bruce Morley
2010 : The Losers : Clay
2010 : Jonah Hex : Jebb Turnbull (apparition non créditée)
2010 : The Resident
2011 : Red Dawn
Télévision
1996 : In the Blink of an Eye : Jesse
1996 : Sliders : Les Mondes parallèles : Sid
2000 : Walker, Texas Ranger : Jake Horbart
2001 : Urgences : Pompier Larkin
2002 : The Practice : Bobby Donnell et Associés (The Practise) : Daniel Glenn
2002 : Angel : Saison 3 d'Angel: Sam Ryan
2002 : Division d'élite (The Division) : Père William Natali
2002 : JAG : Wally
2003 : Les Experts (CSI: Crime Scene Investigation)
2003 : Star Trek : Enterprise : Xindi-Reptilian
2004 : FBI : Opérations secrètes (The Handler) : Mike
2004 : Tru Calling : Compte à rebours (Tru Calling) : Geoffrey Pine
2004 : Monk : Steven Leight
2005 : Puzzle (Chasing Ghosts) (TV) : Det. Cole Davies
2005 : Weeds : Judah Botwin
2005 : Newport Beach (The O.C.) : Joe Zukowski
Rôles récurrents[modifier]
1996 à 1997 : Burning zone : menace imminente (The Burning Zone) : Dr. Edward Marcase (11 épisodes)
2006 à 2009 : Grey's Anatomy : Denny Duquette (23 épisodes)
2005 à 2007 : Supernatural : John Winchester (10 épisodes)
Martyrologue
Dans les trois séries auxquels il participait simultanément, son personnage meurt.